本实用新型提供了一种中小型流域农业面源污染水源前置生态治理系统，涉及生态治理技术领域，按照污染源的流向依次包括：生物强化调节沉淀池、水解酸化池、浅层生态湿地主体、深水强化土壤水解酸化塘、消毒净化池；所述生物强化调节沉淀池用于拦污、初步沉淀泥沙；所述水解酸化池用于水解酸化水体；所述浅层生态湿地主体用以进一步去除氮磷处理；所述深水强化土壤水解酸化塘用于彻底净化；所述消毒净化池用于对水体最终的消毒，后达标排放。利用沟渠进入中小流域入口适宜地形处构边水源前置生态治理系统，能够有效减少集水区来水的有机污染负荷，氮、磷污染负荷。