本实用新型提出一种电梯自动消毒控制方法及系统，实现灵活、可靠的消毒操作管控，提高了消毒系统的可靠性，该系统包括用于连接红外检测设备的红外检测输入接口；用于连接消毒设备的控制输出接口；用于连接上位终端以获取消毒设定指令的无线模块；用于提供实时时钟的晶振模块；以及分别与该红外检测输入接口、控制输出接口、无线模块以及晶振模块连接的单片机电路，该单片机电路根据消毒设定指令控制消毒设备的停/启。该方法是：由用户终端设置好消毒时段，即设置起始时刻T1和关停时刻T2；在到达该消毒时段的起始时刻T1时开启消毒设备对轿厢进行消毒，且每隔t1时间将消毒设备暂停运行t2时间，如此反复直至关停时刻T2，关停消毒设备。