本实用新型公开了一种香菇菌种加工装置，包括机体，所述机体的底部安装有底座，且机体的外壁上安装有机箱，所述机体的一端安装有挡板，且挡板的一侧安装有进料仓，所述进料仓的顶部安装有盖板，且盖板的顶部安装有把手，所述盖板的底部外壁上安装有磁铁，且盖板的末端安装有转轴，所述机体的另一端安装有出料口。本实用新型设置有电机，电机带动主动齿轮，主动齿轮带动辅助齿轮旋转，这样主动齿轮与辅助齿轮同向旋转，从而有利于辊轮对菌种作业，让菌种朝出料口一端移动，将菌种投入进料仓，由于进料仓的底部平面为倾斜安置，因此菌种能够更好的朝一端移动，菌种受铆钉扎孔后从而出料口中滑落，这样能够很好的起到提高作业效率的效果。