本实用新型提供一种船舶防疫空调系统，系统包括新风管、组合式空调箱、送风管、回风管、排风管以及热交换器；新风管一端与外界相通，另一端通过所述热交换器接入所述组合式空调箱的进风口，所述组合式空调箱的排风口连接送风管，所述送风管另一端连接各舱室布风器；回风管一端连接各舱室的回风口，另一端连接所述组合式空调箱的进风口；所述的排风管一端从回风管接出，经过所述热交换器后通向外界。本实用新型在常规模式下采用新风、回风直接混合的方式换热，保持高效能量利用；在防疫模式下，可实现新风、回风的无接触式热量回收，避免因新、旧风混合送往舱室导致的全船污染，同时借助变频装置进行空气调节，减少了噪音和能耗。