本实用新型提出了一种集装箱类建筑窄缝柔性密封防水结构，包括密封条、防水胶带、防水卷材和不锈钢扣板，密封条填充在相邻两个集装箱之间的缝隙中，防水胶带粘贴在密封条和集装箱上，防水卷材粘贴在防水胶带上，不锈钢扣板设置在防水卷材上。本实用新型通过密封条封堵缝隙，防水胶带和防水卷材进行密封防水，不锈钢扣板避免雨水渗透，通过四层防护加强了防水效果，避免了建筑屋面漏水；且该防水结构为柔性结构，避免集装箱热胀冷缩影响缝隙大小而造成漏水；不锈钢扣板设为屋顶型，既将雨水向两侧引流避免雨水渗漏，且屋顶型结构内的空腔，对缝隙两侧的屋面具有保温作用。