本实用新型公开了一种可跨房间式流水线传输轨道，包括穿墙轨道，穿墙轨道的两端均安装有对接连板，穿墙轨道的多根轨道上分别设置有用于运输样本的运送载体，穿墙轨道的一端下方垂直连有贴墙轨道，穿墙轨道的上方安装有上保护盖，穿墙轨道的下方安装有下保护盖，上保护盖和下保护盖形成两端开口的腔体将穿墙轨道包覆起来，贴墙轨道四周及底部通过密封隔板封闭且顶部与上保护盖和下保护盖形成的腔体相连通，贴墙轨道的底端设有风机。本实用新型的传输轨道，通过在两个房间的墙体之间设置穿设墙体的短轨道，从而能够把两个或两个以上的小房间空间连接起来，实现大型的实验室自动化系统的布置，解决了样本跨房间输送和跨房间单元通讯等问题。