本实用新型公开了一种经颅磁刺激仪冷却箱结构，属于经颅磁刺激仪用冷却装置技术领域，技术方案为：包括冷却箱本体，冷却箱本体内设有水冷箱，水冷箱的后侧面处设有半导体制冷片，半导体制冷片与水冷箱之间设有导冷板，半导体制冷片的外侧面设有散热翅片，散热翅片的外侧面设有固定于水冷箱内壁上的散热扇；水冷箱一侧设有伸出冷却箱本体的出水管路、进水管路，出水管路上接通有水泵；冷却箱本体内设有控制器，控制器与半导体制冷片电连接；冷却箱本体前侧设有液位指示器；控制器通过开关连接电源板，电源板连接冷却箱本体上的接线插孔。本实用新型实现高效冷却，冷却效果好，智能间歇工作，节省能源，冷却水输送的过程中，保温性好。