本实用新型公开了一种高精度双轴钻孔机，包括工作台、承载台、多个第一顶持气缸和多个第二顶持气缸，承载台固定于工作台一侧，承载台上设有两组钻孔机构，工作台上设有第一支架，第一支架靠近承载台一端设有限位条，钻孔机构的高度大于限位条的高度，第一支架与限位条相邻的侧壁设有顶块；多个第一顶持气缸依次固定于第一支架侧壁上，限位条和第一顶持气缸设于第一支架相对的两个侧壁上；多个第二顶持气缸依次固定于第一支架的顶部。本实用新型提供一种高精度双轴钻孔机，待加工不规则工件时，首先使工件顶触限位条和顶块，再依次驱动第一顶持气缸和第二顶持气缸前顶，多点顶触可以快速适配不规则工件，以牢固的固定工件，进而提升作业精度。