本实用新型提供了一种双管数字化分层注水系统，包括两根平行设于套管内的注水管柱，注水管柱包括注水管和数字化配水器，数字化配水器与注水管下端连接，套管内设有封隔器，封隔器用于隔离不同层系的上油层和下油层，一根注水管柱通入上油层，另一根注水管柱穿过封隔器后通入下油层。本实用新型采用两根互相独立的注水管柱对不同层系同时进行数字化分层注水，避免了不同层系的流体不配伍造成结垢，从而堵塞地层及井筒的问题。采用非金属连续包敷电缆复合管为注水通道及控制电缆载体的作用，通过将电缆插接在数字式配水器上，由电控柜控制其注水的压力和流量，从而实现智能化数字化分注，相较于普通钢制油管分注技术，更加高效智能且节能环保。