本申请涉及一种通行卡管理系统，包括存卡柜、取卡柜和卡箱；卡箱用于储存通行卡；卡箱在上班时间时从取卡柜中取出，在下班时间时被存入存卡柜；存卡柜和/或卡箱内部设置读卡器，读卡器用于读取通行卡的数量。本申请一方面，收费站管理人员可以根据不同存卡柜中通行卡的数量进行通行卡调拨，提高调拨的及时性和准确性，另一方面，在更换收费人员时，由于卡柜和/或卡箱自动清点通行卡余量，减少交接手续，再一方面，通过将通行卡存储在存卡柜中，收费站管理人员可以随时领取通行卡，通行卡不需搬运至每个收费口内，减少搬运丢失的风险，提高收费人员工作效率。