本发明公开了一种收费站拥堵时的快速通行系统包括：监测一体机监测车辆信息和车流特征信息发送至拥堵预警子系统；拥堵预警子系统根据车流特征信息判定是否启动收费站拥堵预警，启动时生成收费站拥堵预警信息和预警信号发送至定向广播子系统，将接收的车辆信息和预警信号发送至通行管控子系统；定向广播子系统根据预警信号将收费站拥堵预警信息发送至移动端，提示车辆预缴通行费；移动端根据收费站拥堵预警信息进行通行费预缴，并生成缴费结果数据包发送至通行管控子系统；通行管控子系统根据车辆信息与缴费结果数据包判断是否缴费成功，缴费成功后生成缴费凭证与可通行车道信息发送至移动端；当未成功时记录未交费成功的车辆信息，并将未交费成功的车辆信息和预警信号发送至计费子系统。本申请可以提升收费站拥堵时的车辆通行效率。