本实用新型涉及生物制药技术领域，尤其是一种新型的连续灭活系统，生物废水存放在废水收集罐内，废水收集罐的出水口通过第一管路依次串联输送泵、热回收单元、汽水混合加热器和保温单元，保温单元的出水口通过第二管路连通废水收集罐的回流口，三通阀安装在第二管路上，三通阀的其中一个出液口连通热回收单元的回流口，废水收集罐和输送泵之间的第一管路的管段和CIP清洗罐的出口连通，汽水混合加热器中的蒸汽与生物废水直接接触时，蒸汽与生物废水完全混合，无冷凝水的排放，能够最大限度的利用蒸汽所有能量，生物废水灭活完毕排出以后，将CIP清洗罐中的清洗液泵入整个系统内部对管路清洗，可以避免管路堵塞，防止产生异臭。