本实用新型公开了一种医疗垃圾的微波灭菌消毒装置，包括依次连接的粉碎装置、灭菌消毒装置、安装在灭菌消毒装置下方的压缩装置、废水处理装置；在粉碎室的进料口处设有电动门，在电动门上设有红外感应器，灭菌消毒装置包括灭菌消毒室，在灭菌消毒室内设置有微波发生器和激光传感器，在灭菌消毒室的外侧壁上设置有微波定时开关，在灭菌消毒室的底部活动连接有密封板，在搅拌电机的两侧设置有卸料板；安装在卸料板下方的压缩装置的底部活动连接有网孔底板，废水处理装置与压缩装置的出料口的侧壁相连接；在液压推料装置和灭菌消毒室之间设有水循环系统。本实用新型能够实现高效灭菌消毒，更具自动化且具有压缩除水功能，且结构设计简单、实用性强。