本实用新型属于水质检测技术领域，具体涉及一种基于无人机的水质检测系统，包括无人机、采样模块以及检测模块，检测模块和采样模块均搭载于无人机上，无人机上还设有用于将采样模块释放至待测水体内并能够将采样模块从待测水体内回收至无人机的收放装置，采样模块用于采集待测水体样品，检测模块用于对采样的水体样品进行检测，所述无人机具有无线通讯模块，所述检测模块的检测数据通过无线通讯模块发送至远程终端。本实用新型提供的无人机水质检测系统能够实现大面积水域的定点快速采样，同时搭载机载检测模块，实现对水质参数的远程检测和数据的远程传输，提高了大面积水域的水质检测效率，能够建立水域水质分布图，提供更加直观精准的检测数据。