本发明涉及一种船舶生活污水处理系统，包括生活污水舱、输入总管、输入管、输出管、支路管、外排管，生活污水舱顶部设置有加药口，生活污水舱内设置有透气管，透气管的输出端连通外界大气，输入总管的输出端连接三通阀的输入端，三通阀一输出端经外排管连接船体上的排放口，另一输出端经输入管连接生活污水舱的污水进口，生活污水舱的污物出口经排出管连接粉碎泵的输入端，粉碎泵的输出端连接输出管的输入端，输出管的输出端延伸至主甲板上方，输出管的输出端安装有通岸接头，所述支路管将外排管与输出管连通，本系统结构简单，设计合理，适用于小型船舶，造价低，耗能小，能对生活污水进行采取先收集初步处理后转移的方式进行处理。