本实用新型属于轮船污水排放技术领域，尤其涉及一种船舶生活污水处理系统，包括：第一排水总管，用于将生活灰水排向第一污水箱；第二排水总管，用于将生活黑水排向第二污水箱；第一污水箱，用于存储及处理生活灰水；以及第二污水箱，用于存储及处理生活黑水；净化箱，用于存储第二污水箱内经过处理后的黑水上清液；以及排渣箱，用于存储第二污水箱内经过处理后的黑水的废渣。该污水处理系统能够对灰水及黑水分别进行处理，从而使得船舶在远航的过程中的污水循环处理有条不紊的进行，有效的解决残渣不易排出的问题，而且对海域生态环境起到重要的保护作用。