本公开涉及复合材料零件制造领域，尤其涉及一种蜂窝填充体系，包括填充整体件和真空压缩件，其中，所述填充整体件包括填充样板和蜂窝：所述填充样板上具有镂空区，用于容置填充料；所述蜂窝为需要填充的材料；填充样板包括完全相同的两块样板，两块样板分别位于蜂窝顶部和蜂窝底部，位于蜂窝顶部和蜂窝底部的两块样板与蜂窝之间通过通孔和连接件连接而相对位置固定；所述真空压缩件包覆所述填充整体件，并通过抽真空而将填充整体件中位于蜂窝顶部的样板的镂空区中的填充料压入蜂窝孔格中。采用本公开的体系向蜂窝孔格中填充填充料，能够实现快速精准填充，降低材料和生产成本，减轻重量，实现批量化生产。