本实用新型公开了一种高密闭胶囊填充机，包括机架，所述机架设置有第一高密闭容腔以及作用于所述第一高密闭容腔的第一负压系统，所述第一高密闭容腔中设置有一隔板，所述隔板将第一高密闭容腔分隔成用于填充药粉的填料室和用于清洗零部件的清洗室，所述隔板上设置有用于连通填料室与清洗室的转运窗口，所述转运窗口处设置有开闭门，所述填料室与清洗室内均设置有除尘工具，所述填料室内还设置有用于拆装零部件的拆装工具，所述填料室与所述清洗室的侧壁均开设有若干操作口，所述操作口上装设有隔离操作手套。本实用新型提供了一种解决高活性、放射性、毒性未知药物在胶囊灌装生产过程中对人员健康保护问题的高密闭胶囊填充机。