本实用新型涉及细胞培养相关技术领域，具体为一种间充质干细胞培养分离装置，包括培养瓶和设置在培养瓶上的瓶盖，培养瓶为一个圆柱形瓶体结构，且其瓶口的位置处固定安装有瓶盖，培养瓶瓶体上端的两侧边上设置有进液口和出液口，进液口的位置处设置有进液口瓶盖，且出液口的位置处设有出液口瓶盖；通过在瓶盖的下表面设置伺服电机，并在伺服电机的转子上通过联轴器连接有转轴，并在转轴上设置搅拌叶片，从而让工作人员在对间充质干细胞培养时的培养液进行更换的时候，可以先通过驱动伺服电机，从而通过搅拌叶片的搅拌离心作用来促使失活与活性较低的间充质干细胞与培养瓶的瓶壁分离，从而让其随着培养液的抽离而与活性较高的贴壁细胞进行分离。