本实用新型公开了一种微生物灭活装置，包括结构舱，结构舱为长方体密封框体结构，结构舱左侧设置有进气管，进气管中部设置有阀门，结构舱右侧设置有排气管；结构舱内部自左向右一次设置有第一灭活舱、第二灭活舱和第三灭活舱，第一灭活舱、第二灭活舱和第三灭活舱之间依次通过中部连接管进行连通，第一灭活舱内部设置有连接块，连接块中部设置有紫外线发生器。本实用新型通过强氧化性的溶液将气导管进入的气体进行灭菌处理，从而实现对于进气管进入的气体进行紫外线、高温和强化性的复合灭活处理，从而提升对于实验室排除气体处理的稳定性，提升排出气体的安全性，避免人员感染，结构简单可靠，实用性强，具有良好的实用前景。