本实用新型涉及一种发酵原料清洗系统，包括清洗机，清洗机在作物传送运动方向上设置清洗工作段、漂洗工作段，漂洗工作段上连接与水源连通的漂洗进水管，清洗机的排污口通过管线与第一沉淀池连通，第一沉淀池底部设置排污口，第一沉淀池的出水口通过设置水泵的管线与旋流分离器的进水口连通，旋流分离器包括切向入口段、圆柱段旋流腔、锥管段，其中切向入口段设置圆柱段旋流腔的侧壁并与圆柱段旋流腔内腔连通，锥管段的小口端向下延伸形成底流口，旋流分离器的底流口通过管线与污泥池连通，圆柱段旋流腔的顶端设置溢流口，旋流分离器的溢流口通过清洗进水管与清洗工作段连通。