本实用新型涉及微生物无菌薄膜技术领域，具体涉及一种微生物无菌薄膜过滤装置，包括底座，还包括混合机构、升降机构和过滤机构；所述混合机构设于底座的上方，混合机构包括长板、固定块和混合箱，所述长板对称固接在底座的顶部上，所述固定块固接在两个长板的相邻两侧上，所述混合箱固接在两个固定块之间；所述升降机构设于底座的顶部上；所述过滤机构设于底座的上方和下方；本实用新型通过活动轴带动混合棒转动，能够实现样品溶液充分混合，防止样品溶液混合不均匀影响检测结果的准确性，同时通过电动机带动过滤箱转动，从而有效防止过滤过程中过滤膜堵塞，使得过滤膜能够正常使用，保证过滤的效率，保证装置能够正常工作。