本实用新型涉及过滤装置技术领域，且公开了一种微生物无菌薄膜过滤装置，包括底座，底座的上端固定连接有若干个支撑杆，若干个支撑杆呈矩形阵列分布设置，若干个支撑杆的上端共同固定连接有顶板，顶板上通过固定机构连接有样品容器，样品容器的下端固定连通有软管，软管的下端固定连通有导板，导板呈中空设置，导板的下端固定连通有若干个出液管，若干个出液管呈均匀等距分布设置，出液管的下端插接有过滤机构，出液管的下端和过滤机构相连通，软管外安装有驱动机构，底座的上端安装有集菌培养器；过滤机构包括过滤容器和盖体。本实用新型在整个过程中，样品溶液不会接触到机械机构，进而保证了检测结果的可靠性。