本实用新型提供了一种玻璃采光顶隐藏式排水结构，包括主楼及玻璃采光顶，所述玻璃采光顶的端部与所述主楼的外墙搭接，所述主楼的楼板上设置有一窗台区，所述窗台区的内部设置有一排水槽，所述排水槽由所述主楼的外墙向所述主楼内延伸，所述玻璃采光顶通过一导水组件与所述排水槽连接。通过将所述排水槽设置在主楼内，不仅避免了影响玻璃采光顶的美观性，同时还简化了排水构造的结构，在满足玻璃采光顶雨水排放需求的同时避免了主楼与裙房之间容易渗漏的问题，具有很强的实用性。此外，通过设置窗台区对所述排水槽进行隐藏，在合理利用主楼室内空间的同时提升了室内的美观度。