本实用新型公开了一种复式多轴自动化钻孔机，包括动力装置、钻孔装置和进给装置；钻孔装置包括底板座和刀塔，刀塔安装在底板座的两端，包括主动齿轮、从动齿轮、主轴、从轴和钻孔刀具；主动齿轮安装在刀塔的中部，主轴横向贯穿并固定在主动齿轮的键槽上，从动齿轮与主动齿轮的边缘啮合，从轴固定在从动齿轮上；钻孔刀具安装在从轴上并朝向进给装置。本实用新型通过在钻孔装置中设置两个刀塔，每个刀塔中主轴横向布置，每个主轴能够同时带动多个钻孔工具同时钻孔，从而实现了多轴同时钻孔的目的，极大地提高了工作效率；每个刀塔能够同时运转一个或多个钻孔工具，各个钻孔工具也可以根据不同的孔的要求进行选择安装，提高了对加工对象的适应性。