本实用新型提供了一种复式柔性多轴钻孔机，包括床身、滑动机座、夹持机构、动力机构和钻孔机构，两个滑动机座分别安装在床身的一端，夹持机构安装在滑动机座上，钻孔机构安装在两个夹持机构之间，动力机构安装在钻孔机构旁，钻孔机构包括刀塔底板、刀塔垫板、动力刀塔和钻头，刀塔底板安装在床身中部，刀塔垫板安装在刀塔底板上，动力刀塔安装在刀塔垫板上，动力刀塔与动力机构通过同步带连接，两个动力刀塔相背的一侧分别面向一个夹持机构，钻头安装在动力刀塔上面向夹持机构的一侧。通过钻孔机构的设置可以在加工法兰零件时进行多孔同时钻孔，增加钻孔效率，通过滑动基座和夹持机构的配合实现了对法兰零件的快速稳定装。