本实用新型的一种基于手机的荧光便携显微检测仪，包括安装架和带摄像头调节功能的智能手机，安装架可拆卸式装设在智能手机上，安装架上设有遮光腔和光学组件，遮光腔与摄像头相对设置，且遮光腔的腔壁上设有用于插接检测卡的插接口，光学组件装设在遮光腔内；光学组件包括补光灯、聚焦透镜、分光镜和物镜，补光灯与聚焦透镜的中心轴平行设置。本实用新型采用安装架与智能手机可拆卸式结合方式，利用安装架上装设的遮光腔和光学组件，可以与智能手机上的摄像头结合，进行快速荧光检测，实现样本即采即检的目的，减少检测人员劳动强度，检测高效准确等要求，手持荧光免疫分析仪体积小，便于携带，方便检测人员携带外出作业，使用灵活。