本实用新型涉及汽车电池充电技术领域，尤其涉及一种充电站电池转运系统，包括横向轨道、亏电区、满电区、电池架、充电装置和码垛机，亏电区和满电区分布在横向轨道的端部的两侧。电池架的数量为至少两个，每个电池架上安置有至少两个电池。充电装置形成有至少两个充电位，至少两个充电位分布在横向轨道的两侧。码垛机可横向移动地安装在横向轨道上，码垛机配置为将亏电区的电池架运输至充电位，以及将充电后的电池所在的电池架运输至满电区。本实用新型的充电站电池转运系统的有益效果在于：通过码垛机将亏电区的电池架运输至充电位进行充电，以及将充电后的电池所在的电池架运输至满电区，从而提高了电池集中充电效率。