本实用新型公开了一种基于膜分离与电渗析的高盐蛋白废水处理系统，包括依次连接的初步过滤装置、膜澄清单元、有机分离单元、膜浓缩单元；所述初步过滤装置之前设有絮凝池、所述初步过滤装置与膜澄清单元之间设有循环罐，所述絮凝池连有第一pH监测仪，所述循环罐连有第二pH监测仪；所述膜浓缩单元包括去除小分子有机物和部分二价无机盐的纳滤单元、拦截小部分无机盐的精过滤装置、电渗析浓缩单元。可见，让低压精过滤装置负责清液侧出水达标排放或回用；利用低压运行膜分离能够有效截留原水溶液中的盐分，提高进入电渗析原水的盐含量，降低电渗析浓液侧和进料原液侧的浓度差，尽可能的减少离子逆向迁移量，减低电渗析的一次投入和运行废水。