本实用新型公开了一种基于膜分离与电渗析的含铍废水处理系统，包括依次连接的膜澄清单元、膜分离单元、膜浓缩单元；所述膜分离单元包括去除部分二价无机盐的纳滤单元；所述膜浓缩单元包括拦截小部分无机盐的精过滤单元、电渗析浓缩单元，所述纳滤单元的清液出口与所述精过滤单元的进液口相连，所述精过滤单元的浓液出口与电渗析浓缩单元的进液口相连；所述膜澄清单元进液口还设有初步过滤单元，所述初步过滤单元包括板框过滤装置，所述初步过滤单元为为板框/布袋过滤装置，所述初步过滤单元、膜澄清单元之间设有循环罐。可见，让精过滤单元负责清液侧出水达标排放或回用；尽可能的减少离子逆向迁移量，减低电渗析的一次投入和运行废水。