本实用新型公开了一种生物科技用菌袋刺孔器，包括工作台，所述工作台上对称固定连接有丝杆，所述丝杆上螺纹连接有旋套，所述旋套上转动连接有挡板，所述挡板滑动连接在丝杆上，两个所述丝杆上固定连接有安装板，所述安装板上设有电机，所述安装板上设有升降机构，所述安装板下方设有顶板，所述顶板上对称固定连接有内杆，所述内杆上滑动连接有套杆，两个所述套杆底端固定连接有底板，所述顶板上固定连接有若干个钢钉。本实用新型将菌袋放置在工作台上，再转动旋套使得挡板下压与菌袋表面贴合，随后启动电机，使得使得顶板与底板向下运动，当底板向下运动至于挡板接触时，钢钉向下运动，通过观察内杆上的刻度来确定下扎深度。