本实用新型提供了一种植物隔离检疫废水处理装置，属于植物隔离检疫技术领域。该植物隔离检疫废水处理装置包括苗床、过滤组件和消毒组件。所述苗床包括苗床本体、支撑网和导向板。所述过滤组件包括第一输送管、混凝池、排水管和第一过滤器。所述消毒组件包括消毒池、输水管和第二输送管。使用时，通过第一输送管将废水从苗床泵至混凝池内，在混凝池内自动加入混凝药剂对废水中颗粒物、悬浮物进行混凝沉降，沉降完成后，废水经第一过滤器过滤掉杂质后进入消毒池内，启动外部臭氧发生器，将产生的臭氧输入到消毒池内，对废水进行消毒灭活操作。本装置将植物隔离检疫过程产生的废水进行除杂、消毒，实现无害化处理排放。