一种综采工作面过断层智能钻孔系统，包括工作面作业组件、远程遥控组件及地面监控组件；工作面作业组件包括钻孔机械手、现场工控机、全站扫描仪、球形标靶、位移传感器及角度传感器；远程遥控组件包括远程工控机和远程操控台；地面监控组件包括地面工控机和监控显示屏。智能钻孔方法为：全站扫描仪与球形标靶配合建立巷道绝对坐标系，远程工控机分析数据并确定钻孔机械手实时位置；远程操控台向钻孔机械手发送姿态调整动作执行指令，使钻杆移至钻孔起始点；在远程操控台上对孔眼数量、分布以及钻孔顺序进行设定；由远程操控台向钻孔机械手发送钻孔动作执行指令，工控机根据指令控制钻孔机械手按照规划好的路线完成全部孔眼的钻孔作业。