本实用新型提供一种在香烟在线扫描检测系统，其包括：香烟生产线包括传送烟包的输送线；在线扫描检测装置包括探测器组件和射线源组件，探测器组件中的探测器与射线源组件中的光子射线源相对设置，且输送线从探测器和光子射线源间穿过，且光子射线源射出的检测光线方向与输送线的输送方向呈第一夹角，检测光线在烟包上形成与烟包的横断面呈第二夹角的斜切面，探测器获取检测光线形成将烟包中的各烟支分离的图像；控制器以及分拣机构，控制器对图像数据进行处理判断烟包是否合格，若不合格则控制分拣机构动作将不合格的烟包取走；若合格则控制分拣机构不动作。本实用新型可实现对烟包中各叠层的清晰成像，提高成像质量，可以判断烟支中是否有爆珠。