本实用新型涉及机械密封技术领域，具体公开了一种立式水轮机主轴密封结构，包括密封座、转环、抗磨板，密封座和转环均套设在主轴上，转环位于密封座与转环之间的一侧设置抗磨板，密封座上开设有密封槽，密封槽的底部均布设置有多个安装盲孔，密封槽内设置有托架，所述托架与密封槽滑动配合，密封槽内还设置有盘根，所述盘根位于托架与抗磨板之间，所述密封槽内设置有导向杆，导向杆的一端置于所述安装盲孔内，托架和盘根上对应设置有导向孔，导向杆的另一端置于托架和盘根的导向孔内，密封槽的底部设置有连通外部的液体通道，本实用新型的优点是解决了现有技术中橡胶密封圈在0.2KPa的工作水压下向上浮动时受卡严重的问题，使密封圈根容易上浮。