本实用新型公开了水轮机主轴密封结构技术领域的一种水轮机主轴密封结构，所述安装座上和主轴的装配处固定装配有轴瓦钢基，所述轴瓦钢基的内侧壁上均匀固定装配有压簧，所述压簧的外端固定装配有和主轴相适配的耐磨套，所述耐磨套的两端设置有固定装配在安装座上和主轴的装配处的密封毡圈，所述安装座外侧壁和内侧壁上均通过紧固螺钉固定螺接装配有密封座，所述密封座和主轴的装配处开设有环形安装槽，所述环形安装槽内固定装配有环形铜密封环，所述环形铜密封环的外壁上固定有套接装配在主轴外壁上的轴封，提高密封效果，通过耐磨套可以减小主轴和密封套之间的摩擦损耗，通过密封毡圈增加对水的密封效果，密封性好。