一种IT机房冷水系统污垢清洗系统，包括：依次串联在精密空调的进水管中第一手动阀、排污腔体；第一手动阀用于手动控制进水管的通断；过滤网，设置在排污腔体中并位于靠近精密空调的一侧，用于过滤进水管中流过的冷却水；排污管，与排污腔体连接并位于远离精密空调的一侧，用于排放排污腔体内的污水；第二手动阀，串联在排污管中，用于手动控制排污管的通断；压差控制器，用于显示排污腔体在过滤网两侧的压力差。本实用新型实施例通过将排污腔体、过滤网、排污管皆安装在原有精密空调的冷却水管系上，提供了不停机进行小流量小管径系统清洗的基础，通过压差控制器、第一手动阀和第二手动阀可以实现对精密空调冷却水管系清洗的手动控制。