一种IT机房冷水系统污垢自动清洗系统，包括：排污腔体，串联在精密空调的进水管中；过滤网，设置在排污腔体中并位于靠近精密空调的一侧，用于过滤进水管中流过的冷却水；排污管，与排污腔体连接并位于远离精密空调的一侧，用于排放排污腔体内的污水；压差控制器，用于采集排污腔体在过滤网两侧的压力差；控制单元，与压差控制器电性连接，用于根据压力差控制进水管和排污管的通断。本实用新型实施例通过将排污腔体、过滤网、排污管皆安装在原有精密空调的冷却水管系上，提供不停机进行管系清洗的基础，通过压差控制器和控制单元可以实现对精密空调冷却水管系污垢清洗的自动化控制。