本实用新型公开了一种生物芯片样本表面游离蛋白的清洗装置，属于生物芯片技术领域，包括芯片清洗盒、芯片清洗架、端盖和自动进样泵，芯片清洗盒上部两个相对侧面上分别设置有进水口和出水口，芯片清洗盒底部设置有卡位机构；芯片清洗架设置于芯片清洗盒内，且与卡位机构可拆卸连接；端盖盖合于芯片清洗盒的上端，自动进样泵与进水口相连通。本实用新型公开的生物芯片样本表面游离蛋白的清洗装置，使蛋白完全清除，提高了清洗效果；还提高蛋白清洗的可重复性，降低不同批次间的偏差，节约人力成本，解决游离蛋白去除效率低的问题；芯片清洗架能存放多个待清洗的生物芯片样本，使一次性可进行大批芯片样本的清洗，清洗效率大大提高。