本实用新型公开了一种水能发电机保护装置，包括发电机本体、壳体和套壳，所述壳体进水管的一端安装有螺纹盖，所述螺纹盖上开设有第一通孔，所述第一通孔内焊接固定有第一滤网，所述壳体上开设有导向槽，所述套壳的内壁上设置有导向块，所述导向块滑动安装在导向槽内，所述壳体的侧部开设有条形孔，所述套壳的侧部设置有滑槽，所述滑槽内滑动安装有框架，所述框架内设置有第二滤网，所述套壳的侧部开设有第二通孔，所述第二通孔内安装有防水透气膜，所述套壳的侧部设置有散热片，所述发电机本体通过螺栓安装在壳体内。本实用新型可以对水能发电机工作时产生的热量散出，可以有效避免热量堆积，提高发电机的使用寿命。