本实用新型公开了一种基因工程用工具酶分离装置，包括箱体，所述箱体上端中心位置固定连接有固定框，所述固定框内固定安装有电机，所述电机的输出端固定连接有旋转轴，所述旋转轴上设置有对箱体内混合液进行搅拌加快细胞与分解液结合使细胞膜快速破裂的混合机构，所述旋转轴靠近箱体底部设置有用于对箱体侧壁上的混合液进行刮取同时便于混合液取出的取料机构，本实用新型设置有混合机构，通过叶片和搅拌杆对箱体内的混合液进行混合，使分解液与细胞快速均匀混合，本实用新型还设置有取料机构，利用刮板和取料板使箱体内的混合液取出的更加彻底干净，防止箱体内壁上粘连有混合液，提高取出的混合液中工具酶的含量，提高工具酶的提取效率。