本发明所设计了一种移动式高效藻水分离装置，它包括箱体，其特征在于，所述箱体内腔上方设置有浮藻收刮装置，所述浮藻收刮装置之下依次设置有混流搅拌装置、分水仓、滤水仓、浮藻出卸口，所述混流搅拌装置连接有进料管，所述进料管接通药剂添加装置和外界藻水输送泵，所述分水仓设置有滤网框，所述滤水仓设置有滤水排卸泵，所述浮藻出卸口设置在箱体上，并用于将浮藻排出到浮藻出卸口的浮藻收刮装置的下方。本发明设计精巧，可移动，自动化高，效率高，运行成本低解决了当前藻水分离厂投入大，占地面积大，运行成本高的缺点，更重要的是有效的解决了城区河道浮藻发生时，藻水产生量大，运送远，处理难，二次污染重的痛点。