本实用新型提供了一种呼吸机内部气路结构消毒系统，臭氧发生器产生臭氧、通过消毒气体储存室调控消毒室内的臭氧浓度，消毒室内的无创呼吸机或电动电控呼吸机的涡轮从中吸入臭氧进行消毒，空气压缩机制造高压臭氧、输送给气动电控呼吸机和无创呼吸机或电动电控呼吸机的高压氧/高压空气输入口，从而对内部气路进行消毒，从气动电控呼吸机呼出的臭氧返回消毒气体储存室中，避免泄露到环境中。该装置集臭氧的发生、加压、输出、浓度调控、气压平衡以及回收集于一体，针对不同设备提供不同的消毒方式，在呼吸机/麻醉机处于模拟肺或模拟面罩上的工作状态下，利用臭氧气流对内部气路结构进行全面、无死角的彻底消毒，使用方便、环保高效。