本实用新型公开了一种小型微流控单细胞封装仪，包括微流控芯片模块，机械模块，壳体组件和电控模块，微流控芯片模块包括：包含一块带有置液腔室的连接模块，包含带有配合连接模块凸起的上盖以及包含一块微流控芯片；壳体组件包括一个带有特殊结构的底座；电控模块包含：电源，微处理芯片，电机驱动器以及线路板。本实用新型提供一种价格便宜、操作简便、自动化程度高的单细胞封装平台。本实用新型使用精密步进电机带动的进样针，既避免使用气泵，又能保持和微量注射泵类似的精度，同时降低了仪器的生产成本。本实用新型采用了集成化、模块化的试剂盒，使整个设计逻辑紧凑,实现更精确的闭环控制，并降低了仪器的制造难度。