本实用新型提供了一种智能故障诊断系统，包括以下装置：第一通讯装置，用于通过第一通讯链路与一后台服务器连接；第二通讯装置，用于通过第二通讯链路与所述后台服务器连接；处理单元，用于分别与所述第一通讯装置和第二通讯装置连接，将任意数据通过第一通讯装置或第二通讯装置发送至后台服务器；当后台服务器无法通过其中一个通讯链路接收数据时，输出第二故障数据。本实用新型提供的一种智能故障诊断方法、系统及智能控制箱，能够在出现设备出现故障时，进行自动诊断并输出相应的诊断数据，对通讯链路问题、供电问题以及设备问题进行确诊，使得工作人员缩短设备的恢复、修复周期，实用性较强。