本实用新型公开了一种蛋白印迹分析仪的废液处理系统，包括处理箱，所述处理箱内部的右下端固定连接有第一抽液泵，所述第三连接管的左端固定连接有过滤箱，所述第六连接管的下端固定连接有蒸馏箱，所述第八连接管的下端固定连接有冷凝箱。该蛋白印迹分析仪的废液处理系统，将蛋白印迹分析仪的废液处理系统单独设置在一个处理箱的内部，通过单独的控制装置进行控制，进而能应用于不同蛋白印迹分析仪中废液的处理，大大降低了蛋白印迹分析仪的废液处理系统的局限性，并且可对废液进行过滤以及蒸馏，根据废液中的可溶性物质与不溶性物质进行分离，同时利用废液中各成分沸点的不同，将废液中的成分进行分离，进而达到废液中各物质的充分分离。