本实用新型公开了一种蛋白印迹分析仪的液体系统，包括外壳体，所述外壳体的内部上端设置有量筒，所述量筒侧表面的上端固定连接有进液管，所述进液管的一端固定连接有进液软管，所述量筒的上端外表面上固定连接有抽气管，所述抽气管的管路中固定安装有第一电磁阀，所述抽气管的出气端固定连接有连通管，所述连通管的侧表面上固定连接有导气软管，且导气软管的一端固定连接在真空泵的进气端。该蛋白印迹分析仪的液体系统，可以完成对进液软管、进液管、量筒、排液管、盛放槽盒、导液管的清洗操作，有效的避免了其内部存在残留的溶液，保证了下次使用时检测数据的精确性，同时也使得该液体系统具备了自我清理的功能，有效的增强了功能性和实用性。