本实用新型公开了一种生物工程用样本采集装置，包括壳体，所述壳体一端固定连接有第一连接头，所述第一连接头一端螺纹连接有抽液管，所述抽液管一端螺纹连接有过滤网，所述壳体下端固定连接有第二连接头，所述第二连接头下端螺纹连接有第一采集瓶，所述壳体底部通过螺栓可拆卸连接有微型抽液泵，所述微型抽液泵出水口可拆卸连接有第一管道，所述第一管道一端固定连接在第二连接头内部，所述微型抽液泵进水口可拆卸连接有第二管道。该生物工程用样本采集装置通过设置有微型抽液泵、抽液管、第一管道、第二管道、第一采集瓶和第二采集瓶，使其相互配合使用，可以很好的实现对水样本进行快速的采集并且整个采集装置体积小，方便进行携带。