本申请提供一种药囊分离传输装置及系统。上述的药囊分离传输装置包括导药组件和分离组件；导药组件包括多个安装板以及多个导药板，每一安装板的两侧分别与两个导药板的侧边连接，导药板和位于导药板两侧的两个邻近的安装板共同围成有导药槽，导药槽用于引导传输药囊；分离组件包括多个分离件，每一安装板分别与至少两个分离件连接，且其中至少两个分离件分别位于每一安装板的两侧，导药槽的开口方向朝向分离件，每一分离件在导药板上的投影的至少部分位于导药槽内。安装板的两侧分别设置分离件，每一个导药槽对应有两个摆设方向不同的分离件，叠置的药囊与分离件碰撞并被阻挡，使得药囊逐个进行传输。