一种基于磁性纳米颗粒的环境病原体富集与分离装置，包括由具有电动阀的管道依次连接的：前处理单元，前处理单元为具有待测液加入口和待测液过滤装置的仓体结构；以及富集与磁分离单元，富集与磁分离单元为具有功能性磁性纳米材料加药仓、具有对加入功能性磁性纳米材料的待测液进行均匀混合的混匀装置、具有对载有环境病原体的功能性磁性纳米材料进行富集的外磁场、具有对富集完成后不含环境病原体的废液进行排出的废液出口、具有洗脱液加液口的仓体结构；以及回收单元，回收单元为具有洗脱液排出口的仓体结构。本实用新型将富集与磁分离组合在一起，实现了病原体的快速富集与分离、组合孔板结构提供了高效快速的混匀效果。